Obecny kościół św. Michała i przylegający do niego klasztor zakonnic bernardynek był ufundowany w XVII w. przez Lwa Sapiehę jako mauzoleum rodzinne. Klauzurowe bernardynki – 24 zakonnice, modliły się sześć razy dziennie za króla, wojsko, państwo i ród Sapiehów. Marmurowy nagrobek Lwa Sapiehy i jego żon Doroty z Firlejów oraz Elżbiety Radziwiłłówny, zachwyca swoją wielkością i obfitością dekoracji. W podziemiach znajdują się jeszcze 22 groby. Jeden z nich stoi na granicie z pomnika gubernatora Murawjowa.
Na elewacji kościoła możemy zauważyć datę powstania kościoła –1625 r., ale zakonnice w tym roku na modlitwę nie zebrały się, ponieważ zawalił się dach. Opuszczały zaś klasztor dwukrotnie: w 1665 roku podczas najazdu moskali i na początku XVII w. podczas epidemii. Obecnie ołtarz zdobią obrazy z XVII w., a jeden przedstawiający Jezusa Ukrzyżowanego pędzla Szymona Czechowicza, jest z kościoła św. Kazimierza. Z boku wisi kopia obrazu „Jezu Ufam Tobie". Kiedy w tym kościele pracował Michał Sopoćko tu wisiał oryginał. Obecnie kościół pełni funkcję Muzeum Sztuki Sakralnej. Przechowują się tu skarby z całej archidiecezji wileńskiej.
Na szczególną uwagę zasługuje skarbiec katedralny, który był znaleziony podczas remontu w katedrze w 1985 roku.
-
Kryształowy krzyż, XVI w. Na świecie zachowały się pojedyncze kryształowe dzieła, ponieważ z biegiem czasu stłukły się.
- Srebrna pozłacana monstrancja, XVI w. Waży 20 kg, wysokość 1,52 m.
- Monstrancja, XVI w. Zdobiona brylantami, szafirami i innymi szlachetnymi kamieniami.
- Kielich z czystego złota.
Klasztor posiadał trzy dziedzińce: posesyjny, klauzurowy i gospodarczy. Cele znajdowały się na drugim piętrze, więc zakonnice cieszyły się, że podczas powodzi woda cele nie zalała. A cele męskie przez drogę, przy kościele św. Franciszka i Bernarda zatonęły. Bernardynki nie opuszczały klauzury, msze słuchały na balkonie, a komunię przyjmowały przez otwór w ścianie (mur pomiędzy kościołem i korytarzem klasztornym).
W klasztorze mieszkało 30 służących. Jedna zakonnica mogła mieć maksymalnie trzy służące. Przy klasztorze działał pensjonat dla młodych szlachcianek. W piwnicy znajdowało się więzienie. Karano za nadużywanie alkoholu, zaspanie, spóźnienie się na modlitwę, zaniedbanie pracy. Według reguły 4 godziny dziennie należało pracować. Zakonnice zajmowały się wyszywaniem strojów liturgicznych, piekły chleb, sadziły warzywa. W kuchni znajdował się duży komin, bo palił się otwarty ogień.
