Po zamknięciu cmentarza, który znajdował się pomiędzy kościołem św. Anny, bernardyńskim i kościołem św. Michała, decyzją magistratu, w 1810 roku na wzgórzach zarzeczańskich, na prawym brzegu rzeki Wilenki, pomiędzy traktem Stefana Batorego i Wzgórzem Żwirowym, postanowiono założyć nowy cmentarz typu parkowego zwany Bernardyńskim. Teren jest gęsto porośnięty drzewami i krzewami, na cmentarzu znajdują się w większości kamienne pomniki, kapliczki i grobowce rodzinne oraz kolumbaria. Wiosną na cmentarzu kwitnie cebulica syberyjska.
- Leon Borowski (filolog)
- Józef Jundziłł (botanik)
- Stanisław Bonifacy Jundziłł (przyrodnik botanik)
- Zachariusz Niemczewski (matematyk)
- Kanuty Rusiecki (malarz)
- Bolesław Mikołaj Rusiecki (malarz)
- Wincenty Sleńdziński (malarz)
- Aleksander Sleńdziński (malarz)
- Józef Bieliński (lekarz, historyk)
- Johanas Andrius Lobenveinas (anatom, lekarz)
- Wacław Pelikan (rektor uniwersytetu, który prześladował Filomatów. Za co zresztą został obity kijami przez wilnian.
- Stanisław Filibert Fleury (fotograf, malarz) i inni.
Inni zasłużeni i niezasłużeni pochowani na cmentarzu:
- Helena Dzierżyńska (matka krwawego Feliksa Dzierżyńskiego)
- Józef Czechowicz (fotograf)
- Józef Kowalski (lekarz, kowieński przyjaciel Adama Mickiewicza)
- Zofia „Zula" Kadenacowa (ukochana siostra Józefa Piłsudskiego)
- Janina Dłuska (malarka, ilustratorka czasopism mody „Vogue", „Die Madam", czy polskiego „Bluszcz")
- Łucjan Uzięblo (publicysta, krajoznawca)
Podczas powstania styczniowego w 1863 roku, na cmentarzu żandarmeni znaleźli schowane archiwa i broń powstańców. Po czym został zamknięty klasztor i kościół bernardyński, do którego cmentarz należał. Po 1945 roku wyburzono kolumbaria, szczątki osób w nich pochowanych zakopano w zbiorowym grobie przy kaplicy, na złom wywieziono metalowe ogrodzenia mogił oraz dużą część metalowych krzyży. Obecnie zachowała klasycystyczna kaplica cmentarna, kaplica fundacyjna, brama z dzwonnicą, fragmenty kolumbariów oraz dom stróża.
Dom stróża potrafiła wykupić pewna miejscowa Polka, która obecnie w nim mieszka, a jej koty spacerują po cmentarzu i przychodzą do zwiedzających od razu, jak tylko kogoś zobaczą. Z tego powodu, cmentarz Bernardyński jest nazywany jedynym zamieszkałym cmentarzem na Litwie.