Po zamknięciu cmentarza, który znajdował się pomiędzy kościołem św. Anny, bernardyńskim i kościołem św. Michała, decyzją magistratu, w 1810 roku na wzgórzach zarzeczańskich, na prawym brzegu rzeki Wilenki, pomiędzy traktem Stefana Batorego i Wzgórzem Żwirowym, postanowiono założyć nowy cmentarz typu parkowego zwany Bernardyńskim. Teren jest gęsto porośnięty drzewami i krzewami, na cmentarzu znajdują się w większości kamienne pomniki, kapliczki i grobowce rodzinne oraz kolumbaria. Wiosną na cmentarzu kwitnie cebulica syberyjska. Warto zwiedzić podczas wycieczki po Wilnie.
- Leon Borowski (1784-1846) – filolog. Kiedy poznał A. Mickiewicza, krzyknął: „Geniusz, geniusz, urodził się w naszym kraju“
- Józef Jundziłł (1794–1877) – botanik. Podróżując po Litwie badał florę brzegów dolnego Niemna, Niewiaży, Świętej, a także florę Żmudzi. Zebrał 543 gatunki roślin. Zarządzał ogrodem botanicznym Uniwersytetu Wileńskiego, udostępniał go do zwiedzania. Rozdawał mieszkańcom nasiona i sadzonki roślin. W Wilnie opublikował swoje najlepsze dzieło naukowe „Opis roślin dzikich i uprawnych Litwy, Wołynia, Podola i Ukrainy”(1830).
- Stanisław Bonifacy Jundziłł (1858–1915) – przyrodnik botanik.
- Stanisław Marenicz (1856–1913) – lekarz. Do Wilna przybył jako sanitariusz wojskowy i pracował na oddziale chorób wenerycznych Szpitala Wojskowego na Antokolu. Był członkiem Wileńskiego Towarzystwa Lekarskiego, później został jego prezesem. Jego grób zdobi piękny anioł.
- Zachariusz Niemczewski (matematyk)
- Kanuty Rusiecki (malarz)
- Bolesław Mikołaj Rusiecki (malarz)
- Wincenty Śleńdziński (malarz)
- Aleksander Śleńdziński (malarz)
- Józef Bieliński (lekarz, historyk)
- Johanas Andrius Lobenveinas (anatom, lekarz)
- Wacław Pelikan (prorektor uniwersytetu, który prześladował Filomatów. Za co został obity kijami przez Wilnian)
- Stanisław Filibert Fleury (1856-1915) – fotograf, malarz. Jeden z najbardziej znakomitych wileńskich fotografów, którzy w Wilnie odnaleźli swoje powołanie i miejsce wiecznego spoczynku. S.F Fleury studiował w Wileńskiej Szkole Rysunkowej prowadzonej przez Iwana Trutniewa. Później pracował jako praktykant w pracowni fotografa Władysława Straussa. Od 1884 r pracował jako fotograf. Był pionierem fotografii stereoskopowej, pierwszym na Litwie, który stworzył klisze cynkograficzne. Był cenionym fotografem portretowym.
Inni znani pochowani na cmentarzu:
- Helena Dzierżyńska (matka krwawego Feliksa Dzierżyńskiego)
- Józef Czechowicz (fotograf)
- Józef Kowalski (lekarz, kowieński przyjaciel Adama Mickiewicza)
- Zofia „Zula" Kadenacowa (ukochana siostra Józefa Piłsudskiego)
- Janina Dłuska (malarka, ilustratorka czasopism mody „Vogue", „Die Madam", czy polskiego „Bluszcz")
- Łucjan Uzięblo (publicysta, krajoznawca)
Podczas powstania styczniowego w 1863 roku, na cmentarzu żandarmi znaleźli schowane archiwa i broń powstańców. Po czym został zamknięty klasztor i kościół bernardyński, do którego należał cmentarz. Po 1945 roku wyburzono kolumbaria, szczątki osób w nich pochowanych zakopano w zbiorowym grobie przy kaplicy, na złom wywieziono metalowe ogrodzenia mogił oraz dużą część metalowych krzyży. Zachowała klasycystyczna kaplica cmentarna, kaplica fundacyjna, brama z dzwonnicą, fragmenty kolumbariów oraz dom stróża.
Dom stróża wykupiła pewna miejscowa Polka, która obecnie w nim mieszka, a jej koty spacerują po cmentarzu jako przewodnicy i przychodzą do zwiedzających od razu, jak tylko kogoś zobaczą. Dlatego cmentarz Bernardyński jest nazywany jedynym zamieszkałym cmentarzem na Litwie.